突如現れた飛行型生物ギャオスの群れが新宿を蹂躙する。
極東米軍でもギャオスを倒すことはできず、次々と撃墜されるF15。
次々と捕食される人々。
ボコ、ジョー、ジュンイチの3人は、彼らの貯めたお金を奪ったブロディに仕返しを計画していた。しかし、対決に挑んだところで、ギャオスの攻撃に巻き込まれてしまう。
４人が小型のギャオスに捕食されようとした瞬間、巨大な存在が現れる。
それはカメの姿をした怪獣ガメラだった。