ユースタス財団のエージェント・タザキは、ボコたちに協力を求め、ボコたちは与那国島採掘基地へと高速船で向かうことになった。
移動中タザキは、ギャオスと接触した子供たちを乗せた船が怪獣ジグラによって襲撃されたことを知る。怪獣たちは怪獣と接触した子供たちを狙っている。
財団の予測通り、ジグラは200ノットを超える高速でボコたちの船へと迫る。
ジグラと戦うガメラだったが、その猛攻に力尽き、海底へと沈んでいく……。