極東米軍福生基地の研究棟で、怪獣の卵が突如ふ化をした。
怪獣は下水道を通り、地下へと逃げ出してしまう。
怪獣脱走の情報を知ったボコたち４人は、自警団を結成し怪獣探しに乗り出す。
怪獣の掘ったらしい穴を見つけ、進む４人。
その頃、怪獣は共食いを重ねて巨大化していた。
ピンチを極東米軍に救われた４人が地上に出ると、ついに怪獣も地表へと姿を現す。その名はジャイガー。暴れるジャイガー目掛けて、ガメラが飛来する。