「絶対にガメラを死なせてはならない」。 タザキの説得により、日本政府は総力を結集してガメラを治療する。 ボコたちを追って石垣島に到来したエスギャオスと対峙する人々。 復活したガメラが現れ、最後の戦いが始まる。 最後に残る希望、それは人と怪獣を繋ぐ絆——。