巨大な怪獣の死骸が眠る与那国島の採掘基地。基地に到着したボコたちは、怪獣と接触した影響について検査を受ける。
なかなか家に戻れずイラつくジョーとボコは衝突。ジョーは軟禁された部屋から、通風孔を使って抜け出そうとする。部屋に残ったボコはブロディから、ジョーと友達になったきっかけを尋ねられる。その時、島全体が大きく揺れる。
出現したのは、刀の頭を持つ怪獣ギロンだった。
ギロンは恐るべき破壊力で基地を蹂躙する。