新宿を襲った飛行型生物ギャオスの群れは、戦闘機を次々と撃墜、ボコたちのいる町にも飛来する。ギャオスに追い詰められ危機一髪のボコたちだが、そこに新たに巨大なカメの怪獣が現れ、子どもたちを守るかのようにギャオスと戦い始める。