極東米軍福生基地の研究棟で、怪獣の卵が突如ふ化をした。 ギャオスの出現に反応するかのように、生まれた怪獣は地下へ逃亡。 一方ユースタス財団に保護された、ボコたち3人とブロディ。 怪獣脱走の情報を知ったボコたち４人は、自警団を結成し怪獣探しに乗り出す。