怪獣たちは古代文明の指導者が人口を調整するために作られたもので、財団を指揮する評議会は怪獣を再生させ地球の「浄化」を企んでいた。 評議会を裏切ったエミコは、「浄化」を実行すべく、子どもたちをバイラスのいけにえにしようとする。 ボコたちはタザキたちの協力で逃亡し、シャトルで脱出を図るが、再生したバイラスが地上に現れる・・・。 ボコたちの乗ったシャトルを襲うバイラス。その時ガメラが現れる。