採掘基地の最下層にいるボコたち。 死骸のバイラスの周囲には、オリリウムが散らばり青く輝いていた。 ボコがそれに触れた瞬間、４人の脳裏にある映像が映し出される。 それは10万年前に起きた、すべての始まりの出来事だった。 その真相に驚愕するボコたち。ユースタス財団とは何者なのか。怪獣とはなにか。 そしてガメラとは何か。 ギロンに破壊された採掘基地で、エミコは「ようやくすべてが揃う」とつぶやく。 そしてバイラスが復活する。